TSUBAME3のかんたんな使い方

目次

2.5用の記事を読んだ知り合いから3.0用のログイン方法や簡単な使い方を聞かれたのでちょっぴり記事としてまとめました.

ログイン

T3にログインするにはTSUBAMEポータルで公開鍵を登録する必要があります. TSUBAMEポータルの「SSH公開鍵登録」で公開鍵を貼り付けて追加すれば終わり. 鍵の作成はTSUBAME2.5のときと同じ.

公開鍵の登録が済んだらターミナルでsshでログインすればいい。 ログインするときのコマンドとしては

ssh -i ~/.ssh/秘密鍵 14Bxxxxx@login.t3.gsic.titech.ac.jp 
という感じ。 ログインノードは
login0.t3.gsic.titech.ac.jp
login1.t3.gsic.titech.ac.jp
の2つがあるが、
login.t3.gsic.titech.ac.jp
を指定すればどちらかに着地する。

いちいちsshのオプションを打つのが面倒であれば~/.ssh/configに

Host t3
	HostName login.t3.gsic.titech.ac.jp
	User 14Bxxxxx
	PreferredAuthentications publickey
	IdentityFile=~/.ssh/公開鍵
	ServerAliveInterval 15
と書いて
ssh t3

moduleの設定

CUDAやMPIなどを使いたければmoduleを設定する必要がある。 使えるmoduleは

module avail
で表示される。 例えばCUDAを使いたければ
module load cuda
とすればパスが通り使えるようになる。

ジョブの投入

TSUBAME3.0ではジョブスケジューラにUniva Grid Enginを使っており、TSUBAME2.5のジョブスクリプトとは少し書き方が異なる。

#!/bin/sh
#$ -cwd
#$ -l f_node=1
#$ -l h_rt=0:10:00
#$ -N test_name 
. /etc/profile.d/modules.sh
module load cuda

./a.out
はじめに#$でジョブスケジューラに対する設定を書く。 この例だとfノード10分でジョブの名前はtest_nameとなる。 どのTSUBAMEグループにも属しておらず、課金していない場合は10分の実行となる。 ジョブスクリプト内でもmodule loadしないといけない。

ジョブスクリプトが書けたらジョブを投入する。

qsub [ジョブスクリプト名]
特定のTSUBAMEグループでジョブを投入したければ-gオプションで指定する。
qsub -g [グループ] [ジョブスクリプト名]

インタラクティブジョブ

TSUBAMEの計算ノード上で直接コマンドを実行したければインタラクティブジョブを投入する。
qrsh  -l f_node=1 -l h_rt=0:10:00
TSUBAMEグループとして投入したければ-gオプション。

おまけ

moduleコマンドを使うためには
. /etc/profile.d/modules.sh
する必要があるのでzshrcなどに書いておくといいかも

おわり

もっと知りたければGSICの利用の手引を読むといいかも。 TSUBAME計算サービス 利用の手引き
カテゴリー:TSUBAME
記事作成日:2018-04-05